Kepemilikan Saham
Modal dasar yang ditetapkan pada saat pendirian perusahaan sebesar Rp 300.000.000.000 (tiga ratus milyar rupiah) yang terbagi atas 300.000 (tiga ratus ribu) lembar saham, masing-masing saham dengan nilai nominal Rp 1.000.000 (satu juta rupiah). Dari modal dasar tersebut telah ditempatkan sebesar 165.000 (seratus enam puluh lima ribu) lembar saham atau senilai Rp 165.000.000.000 (seratus enam puluh lima milyar). Kepemilikan seluruh saham tersebut adalah Pemerintah Republik Indonesia.
Berdasarkan Surat Keputusan Menteri BUMN Nomor : SK-354/MBU/2012 tanggal 19 Agustus 2012, dilakukan peningkatan modal dasar perusahaan dari Rp 300.000.000.000 (tiga ratus milyar) yang terbagi atas 300.000 (tiga ratus ribu) lembar saham menjadi Rp 2.300.000.000.000 (dua triliyun tiga ratus milyar rupiah) yang terbagi atas 2.300.000 (dua juta tiga ratus ribu) saham. Peningkatan modal dasar tersebut diikuti dengan penambahan modal disetor ke dalam modal perusahaan yang berasal dari kapitalisasi cadangan umum sejumlah 433.261 (empat ratus tiga puluh tiga ribu dua ratus enam puluh satu) lembar saham dengan nilai nominal sebesar Rp 1.000.000 (satu juta rupiah). Dengan adanya penambahan modal disetor tersebut maka modal disetor perusahaan yang semula Rp 165.000.000.000 (seratus enam puluh lima milyar) menjadi Rp 598.261.000.000 (lima ratus sembilan puluh delapan milyar dua ratus enam puluh satu juta rupiah) yang terbagi dalam 598.261 (lima ratus sembilan puluh delapan ribu dua ratus enam puluh satu) lembar saham.
Pada tahun 2013, modal disetor perusahaan mengalami perubahan kembali sesuai dengan Surat Keputusan Menteri BUMN Nomor S-228/MBU/2013 tanggal 9 April 2013, dengan penambahan modal disetor sebesar Rp 1.554.000.000 (satu milyar lima ratus lima puluh empat juta rupiah) yang terbagi atas 1.554 (seribu lima ratus lima puluh empat) lembar saham yang terdiri dari kapitalisasi hutang pemerintah sebesar Rp 1.553.151.970 (satu milyar lima ratus lima puluh tiga seratus lima puluh satu ribu sembilan ratus tujuh puluh rupiah) dan kapitalisasi cadangan umum perusahaan sebesar Rp 848.030 (delapan ratus empat puluh delapan ribu tiga puluh rupiah). Dengan adanya penambahan Penyertaan Modal Negara Republik Indonesia tersebut maka modal disetor perusahaan menjadi Rp 599.815.000.000 (lima ratus sembilan puluh sembilan milyar delapan ratus lima belas juta rupiah) yang terbagi atas 599.815 (lima ratus sembilan puluh sembilan delapan ratus lima belas rupiah) lembar saham.
Pada tahun 2014, dilakukan pembentukan Holding Perkebunan melalui penyerahan 90% (sembilan puluh persen) saham PT Perkebunan Nusantara I, II, IV s.d. XIV yang ditandatangani oleh Menteri BUMN dan Direktur Utama PT Perkebunan Nusantara III (Persero). Sesuai dengan Peraturan Pemerintah Nomor 72 Tahun 2014 tentang Penambahan Penyertaan Modal Negara Republik Indonesia ke dalam Modal Saham Perusahaan Perseroan (Persero) PT Perkebunan Nusantara III, maka kepemilikan saham PT Perkebunan Nusantara IX terdiri dari 90% (sembilan puluh persen) oleh PT Perkebunan Nusantara III (Persero) dan 10% (sepuluh persen) oleh Pemerintah Republik Indonesia.
Sesuai dengan Peraturan Pemerintah Nomor 135 tahun 2015 tentang Penambahan Penyertaan Modal Negara Republik Indonesia Ke Dalam Modal Saham Perusahaan Perseroan (Persero) PT Perkebunan Nusantara III dan Peraturan Pemerintah Nomor 137 Tahun 2015 tentang Penambahan Penyertaan Modal Negara Republik Indonesia Ke Dalam Modal Saham PT Perkebunan Nusantara IX, PTPN IX mendapatkan alokasi Penambahan Penyertaan Modal Negara dengan total Rp 1.000.000.000.000 (satu triliun rupiah). Penambahan Penyertaan Modal Negara tersebut merubah posisi modal perusahaan. Berdasarkan Keputusan Para Pemegang Saham Nomor SK-49/MBU/03/2016 dan Nomor KPJAK/Hold/AD.NIX/08/2016 tanggal 8 Maret 2016 modal dasar perusahaan yang semula Rp 2.300.000.000.000 (dua triliyun tiga ratus milyar rupiah) ditingkatkan menjadi Rp 6.300.000.000.000 (enam triliyun tiga ratus milyar rupiah), dan penambahan Penyertaan Modal Negara ditempatkan ke dalam modal disetor sebesar Rp 1.000.000.000.000 (satu triliyun rupiah) yang terbagi dalam 1.000.000 (satu juta) lembar saham yang diambil oleh Para Pemegang Saham masing-masing Pemerintah Republik Indonesia sebanyak 100.000 (seratus ribu) lembar saham atau senilai Rp 100.000.000.000 (seratus milyar rupiah) dan PT Perkebunan Nusantara III (Persero) sebanyak 900.000 (sembilan ratus ribu) lembar saham atau senilai Rp 900.000.000.000 (sembilan ratus milyar rupiah). Dengan adanya penambahan modal disetor tersebut, maka modal disetor perusahaan yang semula Rp 599.815.000.000 (lima ratus sembilan puluh sembilan milyar delapan ratus lima belas juta rupiah) menjadi sebesar Rp 1.599.815.000.000 (satu triliyun lima ratus sembilan puluh sembilan milyar delapan ratus lima belas juta rupiah).
Komposisi Saham PTPN IX :
a. PTPN III (Persero) = 90 %
b. Kementerian BUMN = 10%